《草莓百分百》围绕高中生动漫研究社成员真中淳平展开。淳平在学园祭上对一位穿草莓图案内裤的女孩一见钟情，自此将其视为梦中情人。在学校里，他与东城绫、西野司、北大路五月等女孩产生了一系列故事。东城绫外表傲娇，内心善良，与淳平在相处中逐渐产生别样的情感；西野司性格温柔，默默喜欢着淳平；北大路五月则活泼可爱，对淳平也有着特殊的感情。淳平在众多女孩的情感包围中，一边追寻着草莓女孩的身影，一边在与这些女孩的日常互动中不断成长，经历着青春的欢笑与泪水，也在这个过程中逐渐明晰自己内心真正的情感归属。