《功夫小蝇》讲述了青年纳尼的奇幻复仇故事。纳尼暗恋邻居美女宾都，然而他的生活却因大反派苏迪普被彻底改变。苏迪普垂涎宾都的美貌，为达目的不择手段，杀害了纳尼。但命运弄人，纳尼死后竟神奇地转世为一只小苍蝇。变成苍蝇的纳尼并未放弃，他凭借着顽强的意志和智慧，开始了对苏迪普的复仇计划。他利用自己苍蝇的身体优势，不断干扰苏迪普的生活，制造各种麻烦。在这个过程中，他也努力保护着宾都。最终，纳尼凭借着勇气和智慧成功复仇，守护了爱人，完成了从弱小苍蝇到复仇英雄的转变。