《通天书院》讲述了少女穆连雪女扮男装进入通天书院求学的故事。穆连雪因家中变故，为了完成父亲遗愿，不得不隐瞒身份进入这所只收男学生的书院。在书院里，她结识了性格迥异的同窗，有玩世不恭但心地善良的风承骏，还有沉稳内敛的文逸飞。 然而，女扮男装的穆连雪很快就遇到了各种麻烦。她要时刻小心不暴露自己的女儿身，同时还要应对书院里的各种规矩和挑战。在学习过程中，穆连雪凭借自己的聪明才智和坚韧不拔的精神，逐渐赢得了同学们的认可和友谊。 随着剧情发展，书院里接二连三发生神秘事件，穆连雪和伙伴们一起展开调查。他们在探寻真相的过程中，不断成长，也收获了珍贵的友情和懵懂的爱情。