《小鸡快跑2：鸡块新时代》的故事承接前作，金吉尔、洛奇和女儿莫莉生活在一个看似平静的新农场。然而，农场主的邪恶女儿妮娜打破了这份宁静，她将金吉尔抓走并带到自己的养鸡场。这里不仅有各种高科技设备用于生产鸡肉产品，妮娜还试图让小鸡们接受被加工的命运。金吉尔没有屈服，她在养鸡场结识了新伙伴，包括喜欢发明的小鸡凯西等。与此同时，洛奇和莫莉也踏上了营救金吉尔的冒险之旅。他们一路上克服重重困难，最终与金吉尔里应外合，成功带领小鸡们逃离养鸡场，再次摆脱成为鸡块的命运。