《星际宝贝：终极任务》围绕莉萝、史迪奇和他们的外星伙伴展开。史迪奇是邪恶科学家强霸博士创造的基因实验品 626 号，拥有强大破坏力。它逃到地球后被小女孩莉萝收养，成为家庭一员。然而，邪恶势力并未放弃对史迪奇的追捕。在一次危机中，莉萝和史迪奇得知还有其他实验品流落宇宙。他们与伙伴踏上寻找实验品的旅程，要将这些实验品改造成善良有用的个体。在终极任务里，他们遭遇最危险的敌人，敌人企图利用实验品的力量统治宇宙。莉萝、史迪奇和伙伴们凭借勇气、智慧和彼此间的信任，一次次化解危机，最终成功阻止敌人阴谋，守护了地球和宇宙和平。