《少年骇客：超时空圣战》围绕少年本展开。本拥有神秘的外星手表 Omnitrix，能让他变身成各种强大的外星英雄。在一次时空错乱事件中，邪恶势力妄图通过改变历史来统治未来世界。本和他的伙伴格文、爷爷马克斯一同踏上了超时空的冒险之旅。他们穿越不同的时代，遭遇了各个时期的强大敌人。在古埃及，本变身成能操控元素的外星战士对抗木乃伊军团；在未来世界，又要面对机械怪物的攻击。本不断利用 Omnitrix 赋予的能力，与伙伴们紧密配合，一次次化解危机，最终成功阻止了邪恶势力改变历史的阴谋，拯救了整个时空。