《假面骑士幻梦 智脑与1000%的危机》围绕假面骑士幻梦的故事展开。故事中，智脑公司面临着前所未有的巨大危机。主角宝生永梦身为假面骑士幻梦，他和伙伴们坚守在对抗危机的最前线。危机的源头是一股神秘且强大的邪恶势力，他们妄图利用游戏世界的漏洞来达成不可告人的目的，这使得现实世界和游戏世界都陷入了混乱。 宝生永梦在战斗中不断成长，他不仅要应对邪恶势力的攻击，还要解开危机背后的谜团。在这个过程中，他结识了新的伙伴，也与老战友们并肩作战。他们一次次地突破困境，在激烈的战斗中，假面骑士们不断变身，释放出强大的力量。最终，宝生永梦和伙伴们凭借着勇气、智慧和团结，成功化解了智脑的1000%危机，拯救了两个世界。