《空想新子和千年的魔法》围绕小学六年级学生新子展开。新子是个爱幻想的女孩，生活在平凡小镇，却满脑子奇异想法。暑假里，转校生真理子的出现改变了她的生活。真理子神秘又特别，带来一本魔法书，声称能实现愿望。新子起初半信半疑，在真理子的鼓动下，两人开始尝试魔法。她们在古老神社中念咒语、收集魔法材料，过程中闹出不少笑话。随着对魔法的深入探索，新子不仅体验到冒险的乐趣，还和真理子建立了深厚友谊。然而，魔法的副作用也逐渐显现，小镇开始出现一些奇怪现象。最终，新子和真理子明白魔法不能解决所有问题，她们用勇气和智慧化解危机，也迎来成长。