《刀剑神域：序列之争》的故事发生在《刀剑神域》事件两年后，虚拟现实游戏技术进一步发展。桐人受邀参加一款名为《Ordinal Scale》的热门 AR 游戏发布会，结识了女孩诗乃。然而游戏中出现异常，玩家被强制登出后身体陷入昏迷。原来游戏开发者贝尔库利为了实现自己的野心，利用游戏收集玩家的记忆数据。桐人、亚丝娜、诗乃等人决定深入游戏，阻止贝尔库利的阴谋。他们在游戏中历经重重关卡，与各种强大的怪物战斗。最终，桐人凭借着高超的剑术和坚定的意志，击败贝尔库利，拯救了所有被困的玩家，也让《Ordinal Scale》游戏恢复了正常。