《怪医黑杰克2011》围绕天才外科医生黑杰克展开。黑杰克没有医师执照，却拥有高超的医术。他收费高昂，只为能专注于医疗研究和维持自己的生活与研究开销。在一个案例中，有患者身患极其罕见且复杂的心脏疾病，常规治疗方法根本无效，医院已经放弃，但患者家属找到黑杰克。黑杰克凭借自己独特的手术方案和精湛技艺，成功为患者进行了心脏修复手术。然而，黑杰克并非单纯为了钱，他也会免费救助那些真正需要帮助的人，比如遇到因灾难受伤却无钱医治的孩子，他会毫不犹豫地伸出援手。他的助手皮诺可善良可爱，在黑杰克的医疗工作中给予了很多支持。黑杰克在一次次挑战高难度手术的过程中，展现出对生命的尊重和对医术的执着追求。