伊森·亨特领导的IMF小组遭到美国政府解散，他和队友们不得不转入地下活动。此时，一个名为“神秘国度”的恐怖组织浮出水面，他们妄图通过恐怖活动掌控世界。伊森在调查中结识了美丽而神秘的女特工伊尔莎，两人在合作中渐生情愫。在追踪“神秘国度”的过程中，伊森不仅要面对组织的重重阴谋，还要应对来自中情局特工亨利·卡西尔的阻挠。卡西尔认为IMF小组是不稳定因素，一心想要将他们绳之以法。伊森和队友们凭借着智慧和勇气，一次次化险为夷，最终成功捣毁“神秘国度”的阴谋，同时也让IMF小组恢复了名誉。