少年艾莉丝和她的伙伴牙牙在森林中遇到了神秘的比克提尼。比克提尼拥有能让接触到的人和宝可梦充满力量的能力，它正被等离子队追捕。等离子队首领魁奇思妄图利用比克提尼的力量，实现他让人类和宝可梦分离的疯狂计划。与此同时，小智和他的宝可梦们也来到了这片森林，结识了比克提尼和艾莉丝。在得知等离子队的阴谋后，他们决定保护比克提尼。在冒险过程中，他们唤醒了传说中的宝可梦捷克罗姆。最终，小智一行人联合捷克罗姆，与等离子队展开了激烈对决，成功阻止了魁奇思的阴谋，守护了人类与宝可梦和谐共处的世界。