《乌龙新院之乌龙秘笈》围绕乌龙院展开一系列搞笑又惊险的故事。乌龙院的小和尚们天真活泼又调皮捣蛋，他们在师父的带领下过着看似平淡却充满乐趣的生活。然而，一本神秘的乌龙秘笈打破了这份平静。各方势力得知乌龙秘笈的存在后，纷纷觊觎它的力量，企图抢夺。小和尚们和师父为了保护乌龙秘笈，与各路反派斗智斗勇。在这个过程中，他们闹出了不少乌龙笑话，比如小和尚们在执行任务时状况百出，把计划搞得一团糟。但他们凭借着善良、勇敢和智慧，一次次化解危机，最终成功守护住了乌龙秘笈，也让乌龙院恢复了往日的安宁。