《感染列岛》以一场致命病毒的爆发为背景展开故事。供职于厚生劳动省的研究员尾崎敏夫，在东南亚调查出血热疫情时，发现一种新型流感病毒。回到日本后，病毒迅速在国内蔓延，从北海道的小樽市开始，患者不断增加，症状严重且死亡率极高。尾崎与妻子、医生松冈理子，在这场灾难中各自坚守岗位。尾崎努力研究病毒疫苗，理子则在医院全力救治患者。随着疫情愈发严重，城市陷入混乱，交通瘫痪、物资短缺。但尾崎和理子没有放弃，在各方的努力下，终于研制出疫苗，控制住了疫情，拯救了无数生命。