《机动警察剧场版2》的故事发生在近未来的东京，此时日本自卫队与公安九课之间矛盾重重。公安九课负责维护城市治安，使用机动警察这类警用机器人。而自卫队则对公安九课的存在感到不满，双方在权力和职责上存在诸多冲突。 在一次事件中，一架直升机坠毁在首相官邸附近，引发了一系列神秘事件。公安九课的泉野明、后藤喜一等人开始调查，发现背后似乎有一股强大的势力在操纵。随着调查深入，他们逐渐揭开了自卫队内部一个妄图发动政变的阴谋。 为了阻止政变，公安九课与自卫队展开了激烈战斗。他们驾驶着机动警察，在城市中与装备精良的自卫队对抗。最终，泉野明等人凭借着勇气和智慧，成功挫败了政变阴谋，维护了城市的和平与稳定。