《母牛总动员》的故事发生在一个农场中，这里生活着一群母牛。其中，勇敢且充满好奇心的玛姬一直渴望能改变农场母牛们被圈养、挤奶的单调生活。有一天，农场主决定将母牛们卖给一家肉制品加工厂，这一消息让母牛们陷入了恐慌。玛姬挺身而出，带领着母牛们展开了一场惊险刺激的逃亡计划。她们巧妙地躲过农场主和工人们的追捕，在逃亡过程中，母牛们发挥各自的特长，有的负责侦查，有的负责制造混乱。最终，母牛们成功摆脱了危机，还让农场主认识到自己的错误，重新过上了自由快乐的生活。