《20世纪少年最终章 我们的旗帜》延续前作剧情，以贤知、阿银等人为代表的正义一方与妄图统治世界的“朋友”展开最终对决。“朋友”利用恐怖计划引发社会动荡，他的势力如乌云般笼罩着整个世界。贤知等人在历经重重磨难后，逐渐揭开“朋友”的真实面目——竟是儿时好友远藤瞬。远藤瞬因童年阴影，企图通过极端手段构建他所谓的理想世界。贤知带领伙伴们凭借智慧和勇气，一次次化解危机。在最终决战中，他们直面远藤瞬，以友情和信念为武器，打破了他的阴谋，让世界重归和平，也诠释了真正的友情与正义在面对邪恶时的强大力量。