《都市奇侠之奇门遁甲》的故事发生在现代都市。主人公周同拥有奇门遁甲之术，他本过着平凡生活，却因神秘组织的出现打破平静。神秘组织妄图利用奇门遁甲的力量谋取私利，四处寻找奇门遁甲的传人。周同被卷入其中，成为组织的目标。为了保护自己和身边人，也为了阻止组织的阴谋，周同开始运用所学的奇门遁甲之术与他们周旋。他结识了同样身怀绝技的伙伴，一起踏上冒险之旅。在这个过程中，他们遭遇了各种危险和挑战，一次次凭借智慧和奇门遁甲的神奇力量化险为夷，最终成功挫败了神秘组织的阴谋，守护了都市的和平与安宁。