《怪物少女妮莫娜》故事设定在一个骑士和怪物共存的世界。巴伦·布莱斯是王国里备受尊崇的骑士，他一直致力于维护王国的和平，对抗所谓的怪物。然而，一天一个自称妮莫娜的少女突然出现在他面前，并表示要成为他的搭档。妮莫娜拥有能够随意变形的超能力，这让她时而变成巨龙，时而化作其他形态。 巴伦起初对妮莫娜充满怀疑，但在相处过程中，两人逐渐建立起了特殊的情谊。可王国中一些势力视妮莫娜为危险的怪物，想要将她除掉。巴伦为了保护妮莫娜，不得不与王国的权威势力展开对抗。在一系列的冒险和战斗中，他们揭开了王国背后隐藏的巨大阴谋，原来所谓的怪物与骑士的对立，不过是某些人操纵的骗局。最终，巴伦和妮莫娜携手打破了阴谋，让王国迎来了真正的和平。