《精英部队2：大敌当前》将故事设定在里约热内卢动荡的社会背景下。纳西门托上尉因在打击犯罪中表现出色，被晋升为上校并负责公共安全事务。然而，里约即将举办重要赛事，城市的治安状况却面临巨大挑战。一方面，毒贩势力猖獗，他们控制着部分街区，与警方长期对抗；另一方面，政治腐败现象严重，政客们为了自身利益，不惜与毒贩勾结。纳西门托在执行任务过程中，既要应对毒贩的暴力抵抗，又要周旋于复杂的政治斗争中。他试图整顿警队，打击腐败，却遭遇重重阻力。影片通过一系列紧张刺激的冲突和情节，深刻展现了社会的黑暗面以及正义与邪恶的激烈较量。