《职业特工队2》中，超级病毒“奇美拉”被恐怖分子麦克斯偷走，她企图高价卖给其他组织。伊森·亨特领导的特工小组临危受命，要抢在病毒扩散前夺回。然而，制造“奇美拉”的病毒专家诺博士被反派肖恩策反，肖恩还偷走了病毒抗体样本。伊森一边追踪肖恩，一边与麦克斯周旋。在这个过程中，伊森结识了女特工妮雅，妮雅实则是肖恩派来监视伊森的。但在行动中，妮雅被伊森的正义所打动，最终倒戈相助。伊森与队友们历经惊险的摩托追逐、高空跳伞等行动，在最后关头成功阻止了病毒的释放，化解了危机。