《碟中谍2》的故事围绕着致命病毒“奇美拉”展开。伊森·亨特所在的特工小组接到任务，要阻止恐怖分子肖恩·安布罗斯获取“奇美拉”并制造生物武器。肖恩偷走了病毒样本，还绑架了伊森的旧情人妮雅，以此威胁伊森为他拿到“奇美拉”的抗体。伊森一边要应对肖恩的挑衅和阴谋，一边还要处理与妮雅复杂的情感关系。在行动中，伊森和队友们多次陷入绝境，他们巧妙伪装，深入敌人基地。最终，伊森凭借智慧和勇气，不仅成功阻止了肖恩的阴谋，还化解了病毒危机，同时也与妮雅解开了心结。影片动作场面惊险刺激，飞车追逐、高空跳伞等场景令人目不暇接。