《玄门圣医》围绕身怀玄门医术的主角展开。主角自幼在玄门中学习高深医术，掌握了诸多神奇的治病法门和玄门秘法。他下山后，凭借着精湛的医术在都市中崭露头角。在这个过程中，他遇到了各种各样的病人和难题，有身患怪病被各大医院判了“死刑”的富豪，也有被邪祟侵扰而痛苦不堪的普通人。主角凭借着玄门医术一一化解。同时，他也遭遇了同行的嫉妒和陷害，以及隐藏在暗处的神秘势力的阻挠。但主角凭借着智慧和勇气，一次次化险为夷，不仅拯救了众多患者的生命，还揭开了一个涉及玄门和都市的惊天秘密。