《妖孽小神医》围绕着身怀神奇医术的主角展开。主角本是乡村中不被看好的小子，却拥有着祖传的神秘医术。一次偶然机会，他凭借高超医术治好了一位城中大佬的疑难杂症，从此命运发生转变。 进入城市后，他凭借着善良的本性和精湛的医术，结识了一群志同道合的朋友，同时也遭遇了各种势力的嫉妒与打压。在面对黑恶势力的挑衅时，他毫不畏惧，运用智慧和医术一次次化解危机。 在感情方面，他与多位性格各异的女性产生了情感纠葛。他一边要在复杂的都市生活中站稳脚跟，一边还要不断提升自己的医术，解开祖传医术背后的秘密。