《我在皇宫教养反骨仔》的故事围绕着女主角展开，她意外穿越到古代皇宫，被安排去教养几位性格各异的皇子，而这些皇子个个都是反骨仔。其中有调皮捣蛋、整天想着溜出皇宫玩耍的三皇子，还有表面沉默寡言、内心却有着自己小算盘的五皇子。女主角一开始面对这些反骨仔头疼不已，三皇子故意在课堂上捣乱，五皇子则对她的教导阳奉阴违。但女主角凭借着现代的教育理念和智慧，逐渐和皇子们建立起信任。她带着皇子们进行野外实践，让他们了解民间疾苦。在这个过程中，皇子们的性格也慢慢发生转变，开始认真学习治国之道，而女主角也在皇宫中收获了一段别样的人生经历。