《暗黑第二季》承接第一季，故事依旧围绕着德国小镇温登展开，这里隐藏着时间旅行的秘密。乔纳斯穿越到 1986 年，试图阻止核电站事故，因为他认为这是一切悲剧的源头。在这个过程中，他结识了年轻版的父母迈克尔和汉娜，也与成年的乌尔里希相遇。乌尔里希因第一季中穿越到 1953 年而在这个时代生活多年。同时，玛莎被神秘组织带到另一个平行世界，在那里她发现了不同版本的温登和人物。克劳迪娅继续追查时间旅行的真相，她穿梭于不同时间线，试图解开家族和小镇的谜团。随着剧情推进，各个人物的命运相互交织，新的秘密不断浮出水面，时间旅行的复杂规则也逐渐清晰，各方势力在不同时间维度展开了一场惊心动魄的较量。