《暗黑第三季》延续前两季的烧脑剧情，故事围绕着温登小镇展开。乔纳斯和玛莎在不同时空经历了诸多波折后，发现他们所处的世界并非唯一，而是存在着两个相互关联又各自独立的世界。在这一季中，他们要阻止两个世界因时间旅行实验引发的大灾难。克劳迪娅揭示了隐藏多年的真相，原来一切的源头是两个世界之外的第三个世界。乔纳斯和玛莎穿越到世界诞生的原点，试图改变命运。最终，他们成功阻止了世界的分裂，两个世界消失，所有因时间旅行产生的悲剧都不复存在，人们在新的世界里开启了没有痛苦回忆的生活。