《暗黑者》讲述了以刑警罗飞为首的专案组，与神秘的犯罪策划者“Darker”之间展开惊心动魄较量的故事。Darker以正义之名，对法律无法制裁的罪人执行私刑，每次作案前都会发出死亡通知单。罗飞曾因恩师之死与Darker有过纠葛，他带领专案组，成员包括法医梁音、痕迹学专家尹剑、心理学专家穆剑云等，共同应对Darker的挑战。在侦破一个个离奇案件的过程中，他们抽丝剥茧，逐渐揭开Darker背后的秘密。剧中案件类型多样，有利用网络暴力杀人的事件，也有涉及商业阴谋的谋杀案。专案组在与Darker的斗智斗勇中，不断成长，同时也面临着道德与法律的抉择。