《碧蓝之海》围绕北原伊织展开，他原本打算在大学开启充满书卷气的生活，却因父母工作变动，借住在伊豆经营潜水器材店的舅舅家。到店后，他被一群穿着比基尼的女孩吸引，可下一秒就被店里的学长们拉去参加了疯狂的酒会，从此开启了与想象中截然不同的大学生活。伊织和好友古手川幸宏在学长们的影响下，逐渐融入潜水社团。他们在社团里经历了各种搞笑又刺激的事情，比如学习潜水知识时状况百出，参加潜水活动时遭遇各种意外。在这个过程中，伊织从一个羞涩的少年，成长为能勇敢面对挑战、享受潜水乐趣的人，也收获了珍贵的友情。