《Buddy Complex》的故事围绕着少年真田雄二展开。在一次事故后，雄二穿越到了 100 年后的未来世界。这个未来，人类与被称为“盖尔”的外星种族正处于激烈的战争中。雄二意外与少女爱娜相遇，他们成为了搭档，共同驾驶名为“Buddy”的机器人参与战斗。在战斗过程中，雄二逐渐适应了这个陌生的世界，也和爱娜以及其他伙伴建立了深厚的情谊。他们在一次次艰难的战斗中成长，不仅要对抗强大的盖尔势力，还要解开隐藏在战争背后的秘密。随着故事的推进，雄二能否找到回到原来世界的方法，又能否帮助这个未来世界赢得最终的胜利，都充满了悬念。