《超人前传第三季》延续前作，聚焦克拉克·肯特在小镇的成长与超能力探索。本季中，克拉克的生活波澜不断。莱克斯·卢瑟因父亲的阴谋而被诬陷，克拉克全力帮助他洗脱罪名，两人友情进一步加深，但莱克斯也开始对克拉克的秘密产生更多怀疑。克洛伊发现了克拉克的一些异常，这让克拉克在隐藏身份上更加小心翼翼。同时，小镇不断出现因陨石影响而拥有特殊能力的人，给大家带来诸多麻烦。比如有能控制他人思想的人，引发了一系列混乱。克拉克一边要应对这些超能力者带来的危机，一边还要处理与拉娜的感情。拉娜在这一季经历了更多波折，她的感情也在克拉克和其他人之间摇摆。而克拉克在一次次危机中逐渐成长，为未来成为超人奠定基础。