《地球百子第二季》承接第一季剧情，100 名少年从太空重返地球后，面临着更为严峻的挑战。克拉克等人努力在地面建立生存基地，然而与地面人的冲突不断升级。林肯帮助克拉克等人了解地面人的文化和习俗，试图缓和双方关系，但和平之路困难重重。与此同时，太空站的幸存者因资源匮乏决定前往地球，却遭遇了辐射云等危机。在地面，百子们内部也产生了分歧，贝拉米和克拉克在领导决策上有不同看法。随着剧情推进，各方势力之间的战争一触即发，百子们必须在这场残酷的斗争中寻找生存之道，还要解开地球隐藏的更多秘密，在充满危险与未知的地球上努力活下去。