《黑暗物质三部曲第二季》承接上季剧情，莱拉为寻找被抓走的好友罗杰，与守护精灵潘特莱蒙一同踏上新的冒险之旅。她来到了神秘的西利欧博德城，在这里结识了新伙伴，也遭遇了各种危险。与此同时，威尔在自己的世界中经历着家庭变故，意外进入了莱拉所在的世界。两人相遇后决定携手，共同探寻真相。他们要面对教会的追捕，教会为了维护自身的权威，不择手段地阻止他们。在旅途中，他们逐渐揭开了关于「尘埃」的更多秘密，这一神秘物质与多个世界的命运息息相关。随着故事推进，莱拉和威尔的能力不断成长，他们也在一次次的危机中加深了彼此的信任，共同为了拯救世界和身边的人而努力。