《黑客军团第三季》延续前作剧情，艾略特在第二季结尾被达琳等人从监狱救出。此时，5/9 计划的影响仍在持续发酵，社会陷入混乱与动荡。艾略特所在的 fsociety 组织面临着内忧外患，内部成员之间产生分歧，外部则受到政府和企业势力的围追堵截。艾略特在精神世界中不断挣扎，他既要应对现实中的危机，又要面对自己分裂人格带来的困扰。在这一季中，他与幻影老板的纠葛进一步加深，幻影老板试图利用艾略特达成自己的目的。同时，艾略特与达琳的关系也经历了诸多波折，他们在拯救世界和自我救赎的道路上不断摸索前行，每一步都充满了未知和挑战。