《家有超能迪翁第二季》延续第一季故事，迪翁拥有超能力的秘密逐渐被更多人知晓。母亲妮娜为保护迪翁，努力让他过上正常生活，可外界的威胁不断逼近。迪翁在成长中努力控制超能力，同时探索能力的来源和意义。他结识了新朋友，在朋友帮助下，对自身能力有了新认识。然而，神秘组织盯上迪翁，企图利用他的能力达成不可告人的目的。迪翁和母亲、朋友一起对抗组织，过程中经历诸多危险和挑战，也让他们的关系更加紧密，迪翁也在一次次战斗中变得更加成熟强大。