《羁绊者》的故事围绕着少年阿形胜平展开。他所在的城市突然出现了一种神秘现象，一群少年少女被强制建立起了“羁绊”关系。一旦其中一人受伤，其他人也会感同身受。阿形胜平与其他拥有羁绊的伙伴们，如木更津亮、园崎法子等，在这个过程中经历了诸多波折。他们一边要应对因羁绊带来的身体痛苦，一边还要探寻这神秘现象背后的真相。在调查过程中，他们逐渐发现了一个隐藏在城市背后的巨大阴谋。伙伴们之间的羁绊也在一次次的危机中不断经受考验，有过误解与矛盾，但最终还是凭借着彼此的信任和羁绊，共同对抗未知的危险，努力揭开谜团，拯救自己和这座城市。