《极黑的布伦希尔特》围绕着高中生村上良太与少女万由里展开。村上良太在上学途中救下了被追杀的万由里，而万由里实则是拥有强大超能力的少女，她曾被囚禁在设施中进行各种实验。此后，良太的生活被彻底改变，他与万由里的命运紧紧相连。随着故事发展，他们遭遇了来自各方的威胁，有企图夺回万由里的组织，还有其他拥有超能力的危险人物。在一次次战斗中，良太与万由里的感情逐渐加深，同时也结识了其他同样拥有超能力的伙伴。他们一起并肩作战，为了保护彼此、揭露背后的阴谋而努力，在充满危机与挑战的世界中，书写着属于他们的传奇故事。