《秘密森林》围绕检察官黄始木展开，他因儿时脑部手术失去情感感知能力，却凭借超强的逻辑思维和对真相的执着，一心扑在查案上。一次，地方检察厅发生离奇的科长自杀案件，黄始木负责调查。随着调查深入，他发现案件背后隐藏着巨大的权力黑幕，涉及检察厅高层、财阀等多方势力。在这个过程中，他结识了充满正义感的女警韩汝真，两人携手追查真相。他们不断遭遇来自各方的阻碍与威胁，甚至生命也受到了威胁。但黄始木不为所动，坚持揭开层层迷雾。最终，他们能否将幕后黑手绳之以法，让真相大白于天下，成为本剧最大的看点。