《魔法少女奈叶StrikerS》是一部充满奇幻色彩的动画。故事围绕着时空管理局展开，主角高町奈叶已成长为一名优秀的魔导师，同时还是两个孩子的母亲。此时，时空管理局面临新的危机，神秘组织“机动六课”频繁制造事端。奈叶与好友菲特等人再次挺身而出，她们不仅要应对外部敌人，还要处理内部的矛盾。在执行任务过程中，奈叶结识了新的伙伴，如蒂安娜、昴等，她们组成了特别行动小组“StrikerS”。团队成员们各自拥有独特的魔法能力和性格，在一次次战斗中，她们相互协作、共同成长，逐渐揭开了“机动六课”背后的阴谋，守护了时空管理局和世界的和平。