樱田纯是个性格孤僻、不愿上学的少年。一次他在古董店中意外得到了神秘人偶真红，真红拥有生命，是蔷薇少女中的一员。真红告诉纯，蔷薇少女们要通过一场“Alice Game”，集齐其他蔷薇少女的蔷薇圣母，成为唯一的“Alice”。 此后，纯成为真红的媒介，与她一同面对其他蔷薇少女的挑战。他们先后遭遇了苍星石、翠星石、雏莓等蔷薇少女，每一次相遇都伴随着战斗与故事。在这个过程中，纯逐渐打开心扉，与真红建立起深厚的羁绊。同时，他们也在不断探寻“Alice Game”背后的真相，以及人偶们诞生的秘密。这部动画充满奇幻色彩，人物形象鲜明，围绕着蔷薇少女们的战斗与情感展开，剧情丰富精彩。