《穹顶之下第二季》延续第一季剧情，切斯特磨坊镇依旧被神秘的透明穹顶困在其中。芭比成为镇民眼中的英雄，但他与大反派吉姆的矛盾仍在升级。新的危机接踵而至，镇上来了一群神秘人，他们似乎知晓穹顶的秘密，还带来了致命的病毒，导致镇民们纷纷染病。与此同时，穹顶内出现了神秘的发光球体，它似乎拥有某种强大的力量，引发了一系列诡异事件。青少年们也在这场危机中逐渐成长，茱莉亚努力寻找拯救小镇的方法。在重重困难下，镇民们团结又分裂，有人为了生存不择手段，有人坚守正义。最终，他们能否揭开穹顶的秘密，逃出这可怕的牢笼，令人揪心。