《RDG濒危物种少女》围绕着女高中生泽井麻理亚展开。麻理亚拥有特殊能力，能看见被称为“妖异”的非现实存在之物，这一能力让她在生活中饱受困扰。她结识了转校生真宫寺是清，是清知晓麻理亚的能力，并且自身也与神秘世界有着千丝万缕的联系。随着剧情推进，他们逐渐卷入了一个关于“妖异”和人类世界平衡的危机中。麻理亚必须在保护自己的同时，努力阻止“妖异”带来的灾难。在这个过程中，麻理亚不断成长，她与是清以及其他伙伴之间的羁绊也愈发深厚，共同面对来自神秘世界的重重挑战，探寻真相，守护人类与“妖异”世界的和平。