《忍者神龟第四季》延续了前三季的精彩，聚焦于拉斐尔、多纳泰罗、米开朗基罗和莱昂纳多四只神龟的冒险故事。这一季中，神龟们面临着更为严峻的挑战。大反派施莱德虽已被击败，但他的余党并未就此罢休，尤其是邪恶组织脚帮，在新首领的带领下卷土重来，企图为施莱德复仇并统治纽约。 神龟们不仅要应对脚帮的频繁骚扰，还要面对来自外星生物的威胁。外星种族克朗为了寻找强大的能量源来到地球，而纽约恰好是能量源的所在地。神龟们与外星生物展开了多次激烈战斗，每一次都险象环生。 在战斗过程中，神龟们自身也发生了变化。拉斐尔变得更加成熟稳重，他开始反思团队的战斗策略；多纳泰罗则发明了许多新的高科技武器，为团队提供了强大的火力支持；米开朗基罗依旧乐观开朗，但在关键时刻也能展现出惊人的战斗力；莱昂纳多作为领导者，承受着巨大的压力，他努力协调团队成员之间的关系，带领大家共同对抗敌人。 本季还加入了新的角色，如神秘的女忍者艾普丽尔，她的出现给神龟们带来了新的机遇和挑战。她与神龟们并肩作战，逐渐赢得了他们的信任。随着剧情的发展，神龟们与敌人的矛盾日益激化，最终迎来了一场决定地球命运的终极决战。