《我们没有羽翼》的故事围绕着失去记忆的男主角浅羽直之展开。他在海边被少女水无濑佳依救起后，来到了名为“圣露琪亚女子宿舍”的地方生活。这里居住着性格各异的女孩，有傲娇的神代缘、温柔的水无濑佳依、天真的三峰结衣等。直之努力寻找自己失去的记忆，在此过程中与女孩们产生了许多交集和情感羁绊。他们一起度过日常的点点滴滴，也会面临各种矛盾和挑战。随着故事推进，直之逐渐揭开自己身世的谜团，而他与女孩们之间的感情也在不断升温，演绎出一段充满青春、爱情与成长的动人故事。