《新蔷薇少女》围绕少年樱田纯展开。纯因考试失利而变得孤僻，一天他意外收到神秘人偶真红。真红自称为蔷薇少女，拥有强大魔力，她告诉纯自己要参加蔷薇圣母争夺战，集齐其他蔷薇少女的蔷薇圣母成为爱丽丝。此后，纯成为真红的媒介，与她一同面对其他蔷薇少女。苍星石、翠星石、雏莓等蔷薇少女相继登场，每一个都有独特性格和能力。她们之间不断爆发战斗，在战斗过程中，纯和真红的关系逐渐加深，纯也在真红的影响下慢慢改变。同时，故事背后关于蔷薇少女诞生的秘密也逐渐浮出水面，充满奇幻色彩与情感纠葛。