《异种3》故事承接前作，瑞吉斯博士从被冷冻的莎侬体内提取出胚胎，植入了自愿者丹妮丝体内孕育。丹妮丝顺利生下女孩莎拉，她外表与常人无异，但随着成长，体内的异种基因开始显现。莎拉拥有远超常人的速度和力量，还能感知他人的想法。科研人员对莎拉进行研究和监控，然而莎拉逐渐展现出叛逆和强大的一面，她杀死看守逃出实验室。之后，莎拉遇到了同样拥有特殊能力的男性异种，两人结合产生了更强大的新生命。科研团队为阻止新异种的诞生，与莎拉展开了一场惊心动魄的较量。