《海猿3》中，日本遭受史上最强规模的9.1级大地震，引发巨大海啸，东京湾陷入一片汪洋。海上保安厅第7管区救难队队长仙崎大辅，在灾难来临前与妻子美咲产生矛盾，美咲负气回娘家。地震发生后，大辅带领队员们迅速展开救援行动。他们在汹涌的海水中拯救了众多被困民众，其中包括被倒塌建筑压住的老人和在洪水中挣扎的孩子。大辅在救援过程中不断突破身体极限，同时也牵挂着美咲的安危。最终，大辅成功救出美咲，两人化解矛盾。而大辅和队员们也凭借顽强意志和专业技能，在这场灾难救援中创造了无数生命奇迹。