《摩加迪沙》以1991年索马里内战为背景，讲述了身处摩加迪沙的韩朝外交官们为了求生而展开的故事。韩国大使馆公使朴镇荣和领事金胜民等人，在索马里局势急剧恶化、国家陷入无政府状态的情况下，面临着生命威胁和撤离困境。与此同时，朝鲜大使馆的参赞姜仁哲和领事李政勋等外交官也同样在战火中挣扎。韩朝双方外交官起初相互对立，但在共同求生的过程中，他们不得不放下成见，携手合作。他们一起躲避武装分子的追杀，在枪林弹雨中寻找生机。最终，他们通过伪装等一系列惊险操作，成功登上撤离的飞机，逃离了这座充满战火与死亡的城市。