《秘密特工》故事背景设定在冷战时期。美国侦探拿破仑·索罗和苏联特工伊利亚·柯尔尼科夫原本是对手，却因形势所迫不得不联手执行一项危险任务。他们要阻止一个神秘犯罪组织利用核弹技术制造大规模杀伤性武器，以实现其统治世界的野心。 在行动中，两人性格迥异，冲突不断。索罗潇洒自信、玩世不恭，柯尔尼科夫则严肃内敛、恪守原则。但在一次次与敌人交锋中，他们逐渐放下成见，发挥各自所长。他们还结识了德国机械师的女儿盖尔·多特蒙德，三人组成了临时团队。他们穿梭于欧洲各地，躲避敌人的追杀，破解重重谜题，最终成功阻止了犯罪组织的阴谋，维护了世界和平。