《X战警2》延续前作，故事围绕变种人与人类的矛盾进一步展开。军方上校史崔克为消灭变种人，绑架了X教授，控制其能力发动对变种人的攻击。金刚狼罗根为寻找自己身世的真相，也卷入这场纷争。X战警们在暴风女、镭射眼的带领下，一边要营救被囚禁的X教授，一边还要应对军方的围剿。与此同时，万磁王从监狱中逃脱，他召集变种人，企图与人类展开一场大战。在这场惊心动魄的较量中，X战警与万磁王的势力既有对抗也有短暂合作。最终，X战警成功阻止了史崔克的阴谋，拯救了变种人和人类世界，也暂时缓解了双方的紧张关系。